Dès lors que l’employeur suspend un agent en congé de maladie, la suspension entre en vigueur au terme du congé de maladie. Toutefois, la durée de la suspension est décomptée à partir de la notification de l’arrêté de suspension à l’agent.
À l’inverse, lorsqu’un agent suspendu fournit un arrêt de travail, ce dernier est placé en congé de maladie. Ce placement en congé de maladie met fin à la suspension.

L’employeur peut décider à nouveau de la suspension à l’issue du congé de maladie.

Notons enfin que l’employeur peut faire procéder à tout moment à une contre-visite du fonctionnaire par un médecin agréé. L’intéressé doit s’y soumettre, sous peine d’interruption du versement de sa rémunération

La jurisprudence administrative est relativement fournie, s’agissant par exemple des interactions entre la maladie et la suspension.

Par un arrêt en date du 31 mars 2017, le Conseil d’Etat a précisé les modalités d’exécution d’une mesure de suspension dans l’intérêt du service prononcée à l’encontre d’un agent en congé de maladie. (CE, 31 mars 2017, M. Roux c/ Centre national de gestion des praticiens hospitaliers et des personnels de direction de la fonction publique hospitalière, n° 388109)

Il rappelle, en premier lieu, qu’une mesure de suspension peut être régulièrement prononcée à l’encontre d’un agent qui bénéficie d’un congé de maladie.

Mais le Conseil d’Etat précise, d’une part, que la mesure n’entre en vigueur qu’à compter de la date à laquelle le congé de maladie prend fin.  D’autre part, il indique que cette entrée en vigueur décalée s’applique même lorsque la décision ne la prévoit pas explicitement.

Elle indique, pour finir, que le décompte de la durée de la période de suspension se fait à compter de la signature de la décision qui prononce la mesure de suspension, réduisant ainsi quasiment à néant les effets d’une telle décision.

La conséquence directe de cette précision est qu’en dehors de l’hypothèse de poursuites pénales prévue à l’article 30 de la loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires, la mesure de suspension prendra fin de plein droit dans un délai de quatre mois à compter de la signature de la décision de suspension, et non de son entrée en vigueur

Le Conseil d’Etat avait en effet déjà jugé qu’un agent ne peut être suspendu qu’à l’issue de son congé de maladie (CE, 29 octobre 1969, Commune de Labeurvière, publié au recueil Lebon) et que le placement en congé de maladie met automatiquement fin à la mesure de suspension (CE, 26 juillet 2011, M. Bruno A., n° 343837). 

Il apparaît pour cette raison que cette jurisprudence est très vraisemblablement applicable à l’ensemble des mesures de suspension conservatoires, alors même que l’arrêt se prononçait en l’espèce à l’égard d’une mesure de suspension prononcée sur le fondement de l’article R. 6152-77 du Code de la santé publique qui prévoit la suspension conservatoire des praticiens hospitaliers, à l’instar de l’article 30 de la loi du 13 juillet 1983.

Le Conseil d’Etat, par ses différentes jurisprudences, fait donc prévaloir le régime protecteur du congé de maladie sur celui de la suspension dans l’intérêt du service.

Même si en congés maladie, un agent reste en statutairement « en activité » et donc soumis aux obligations statutaires (dont la vaccination), les jurisprudences constantes indiquent que cet agent ne pourra être suspendu qu’au terme de son arrêt…

L’employeur ou l’administration qui méconnaitrait cette constance jurisprudentielle prendrait un énorme risque.

Pour plus d’informations sur la suspension voir : https://lecourrierdesstrateges.fr/2021/08/25/tout-tout-tout-vous-saurez-tout-sur-la-suspension-dans-la-fonction-publique-par-julien-g/